他在外地，我可以在南京起诉离婚吗？

可以。民事诉讼一般由被告住所地法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地（连续居住满一年）法院管辖。被告在南京连续居住满一年的，南京法院有管辖权。